Rođen je 1964. godine u Bugojnu. Gimnaziju je završio u Uskoplju, a u Sarajevu je diplomirao na Strojarskom fakultetu te je po zanimanju strojarski inženjer. Prvo objavljeno djelo mu je zbirka priča Puževa kućica iz 1997. godine u izdanju Hrvatske uzdanice. Na natječaju malog izdavača Faust Vrančić 2000. zahvaljujući dobrim ocjenama i kritikama izdan mu je prvi roman pod naslovom Kad magle stanu
Drugi roman Živi i mrtvi izdan je 2002. godine. Za ovaj roman nagrađen je VBZ-ovom književnom nagradom koja je tada dodijeljena prvi put. Za isti roman 2003. godine dobiva nagradu Ksaver Šandor Gjalski i nagradu Zrinski. Za roman Tragom zmijske košuljice nagrađen je godišnjom stipendijom Ministarstva kulture RH, te nagradama Ivan Goran Kovačić i Kočićevo pero za 2007. godinu.
Godine 2014. dobio je državnu nagradu Vladimir Nazor za roman Svježe obojeno. Nagradu za najbolji domaći kriminalistički roman dobio je dobio za romane Božji gnjev iz 2014. i Crni gavran i bijele vrane iz 2018. godine. Za roman Skica u ledu dobio je nagrade fra Martin Nedić i Mirko Kovač za 2018. godinu.
Po nagrađivanom romanu Živi i mrtvi je snimljen istoimeni film za kojeg je Mlakić napisao scenarij, koji je 2007. nagrađen s osam Zlatnih arena na 54. Festivalu igranog filma u Puli. Također je napisao scenarij za nagrađivani film Tu redatelja Zrinka Ogreste. Za Branka Ištvančića napisao je scenarije prema romanima Čuvari mostova (Most na kraju svijeta) i Kad magle stanu. U Ištvančićevoj režiji snimljen je i kratki film prema Mlakićevoj priči Ponoćno sivo. Napisao je scenarij za film Imena višnje redatelja Branka Schmidta za koji je dobio Zlatnu arenu na 62. Pulskom filmskom festivalu održanom 2015. godine. Prema njegovom romanu i scenariju snimljen je film Mrtve ribe redatelja Kristijana Milića u kojem je zabilježio manju ulogu. Prema istom romanu rađena je istoimena kazališna predstava koja je premijerno izvedena 23. rujna 2016. na Velikoj sceni Narodnog pozorišta Mostar.
Napisao je scenarije za dokumentarne filmove Putevi duhana i Ljudi koji su sadili drveće, piše, između ostaloga na Wikipediji. Što o sukobu identiteta, kulturološkoj i političkoj krizi u BiH kao i mnogim drugim životnim pitanjima misli Josip Mlakić, pogledajte u video intervjuu kojeg je radio naš suradnik Darko Dodig.
